Das im Jahre 1872 ins Leben gerufene Musée des beaux-arts du Locle (Kunstmuseum Le Locle) ging aus der Société des beaux-arts du Locle (Schweizer Kunstverein Le Locle) hervor, die zehn Jahre zuvor gegründet worden war. Es stellte Werke von Künstlern aus dem Kanton Neuenburg und aus der gesamten Schweiz im Museum aus, von Anbeginn mit grossem Publikumserfolg. Gleichzeitig stellten die Schweizerische Eidgenossenschaft und die Gottfried-Keller-Stiftung dem Museum Werke von Künstlern mit internationalem Ansehen zur Verfügung.
Seit 1946 zeigt das Museum ein verstärktes Interesse an Kupferstichen und Druckgrafiken. In diesem Jahr fand erstmals eine Ausstellung mit dem Titel: „Le livre moderne illustré“ (Das illustrierte moderne Buch) statt, deren Erfolg einen Meilenstein in der Geschichte des Museums darstellte. 1950 folgte die Ausstellung „50 ans de gravure française“ (50 Jahre französische Radierung), die als Gemeinschaftsprojekt mit dem Comité national de la gravure française (Nationalkomitee der französischen Radierung) und dem Kupferstichkabinett Paris organisiert wurde. Die Begeisterung des Publikums für die Kupferstiche von Bonnard, Cézanne, Toulouse-Lautrec, Chagall und vielen anderen veranlasste das Museum, sich schwerpunktmäßig auf die Originalradierung und auf die Druckgrafik zu verlegen. Dennoch bleibt es weiterhin für andere Bereiche künstlerischen Schaffens aufgeschlossen.
Der alle drei Jahre durchgeführte Wettbewerb der Druckkunst mit dem Titel „Prix de la ville du Locle“ (Preis der Stadt Le Locle) fand erstmals 1992 statt. Dieser Wettbewerb richtete sich zunächst an Schweizer Künstler. Bei seiner dritten Ausgabe im Jahr 1998 waren auch internationale Künstler vertreten. Beim Wettbewerb 2007 lag der Schwerpunkt erneut auf nationalen Werken, da mit der Auswahl der eingeladenen Künstler ein neu gegründeter Kunstausschuss beauftragt worden war, der die wichtigsten Konservatoren des Kupferstichs des Landes vereinte.
Nach dreijähriger Schließung freut sich das Museum, sein Publikum in seinen neuen Räumen zu empfangen. Bei den Bauarbeiten zur Umgestaltung des Gebäudes, die zwischen Februar 2011 und Februar 2014 durchgeführt wurden, gelang es, die Jugendstil-Elemente der Originalarchitektur nicht nur zu bewahren, sondern auch besser zur Geltung zu bringen. Das anspruchsvolle Projekt wurde zum Anlass genommen, einen Empfangsraum mit Museumsshop und Café zu schaffen, sowie einen Raum zur Kulturvermittlung. Außerdem entstanden eine neue Bibliothek und modernisierte Ausstellungs- und Lagerräume, die den geltenden Normen der präventiven Konservierung und der Werkspräsentation gerecht werden.